Il tempio di Giunone si trova sullo sperone roccioso più elevato della collina dei Templi. Come per la maggior parte dei templi agrigentini, non è possibile sapere a quale divinità fosse dedicato. La sua attribuzione a Giunone deriva da un’errata interpretazione di un passo dello scrittore romano Plinio Il Vecchio, che si riferisce, in realtà, al tempio di Giunone sul promontorio Lacinio a Crotone, in Magna Grecia.